Gabriel Aintablián fue Asistente Académico de los decanos de la Facultad de Ciencias de la Universidad de la República (UdelaR), Srs. Mario Wschebor, Ricardo Ehrlich, Julio Fernández y Juan Cristina. Fue también Asistente Académico del director de la Escuela Universitaria de Música de la UdelaR. En todos estos cargos ha desempeñado tareas de gestión y desarrollo institucional así como tareas relacionadas con la cooperación internacional.
Asesor del Director de la Dirección de Innovación, Ciencia y Tecnología para el Desarrollo del Ministerio de Educación y Cultura. Durante el desempeño de estos cargos ha desarrollado tareas vinculadas a la cooperación tanto nacional como internacional, participando en carácter de coordinador nacional titular o alterno (Reunión Especializada de Ciencia y Tecnología del MERCOSUR, Programa de Cooperación Iberoamericano en Ciencia y Tecnología, CYTED). Director de la Agencia Nacional de Investigación e Innovación, en representación del MEC.