El Consejo Nacional de Innovación, Ciencia y Tecnología (CONICYT) tiene los siguientes cometidos:
Proponer planes, lineamientos de políticas generales y prioridades relacionadas con la Ciencia, la Tecnología y la Innovación al Gabinete Ministerial de la Innovación, al Poder Ejecutivo y al Poder Legislativo, según corresponda. En particular, se recabará su opinión previa sobre el Plan Estratégico Nacional en Ciencia, Tecnología e Innovación (PENCTI) elaborado por dicho Gabinete así como sobre los planes y programas que instrumentará la Agencia, para lo cual recibirá la información pertinente durante su elaboración y puesta en práctica.
Elaborar propuestas de bases y estrategias, áreas de interés e instrumentos de políticas de ciencia, tecnología e innovación.
Proponer la creación y reglamentación de programas de ciencia, tecnología e innovación.
Promover y estimular el desarrollo de las investigaciones en todos los órdenes del conocimiento.
Promover acciones conducentes al fortalecimiento del sistema nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación.
Efectuar el seguimiento del funcionamiento de los diferentes programas de la Agencia Nacional de Investigación e Innovación, en particular del PENCTI. Revisar, cuando lo considere conveniente y por razones fundadas, las diferentes etapas del PENCTI y lo actuado por la Agencia, quien a esos efectos informará en tiempo y forma de todas sus resoluciones. En caso de formularse observaciones, ellas serán comunicadas al Gabinete Ministerial de la Innovación.
Homologar la integración de los comités técnicos que funcionarán en la órbita de la Agencia. El Consejo podrá proponer la remoción de dichos comités.
Contribuir, de forma coordinada con otros organismos del sistema nacional de ciencia, tecnología e innovación, al desarrollo de un Sistema de Evaluación y Seguimiento de los Programas que patrocine la Agencia, u otros actores, así como de evaluación ex-post de los resultados y de su adecuada difusión a los actores.
Elegir su Presidente de entre sus integrantes.
Elevar al Poder Ejecutivo la propuesta de sus delegados al Directorio de la Agencia.
Designar a su Secretario Ejecutivo quien recibirá una remuneración con fondos propios del CONICYT.